Рестриктазните ензими, които режат ДНК и са намерени в бактерии (и изолирани от тях за използване). Тъй като режат в рамките на молекулата, те са често се нарича рестриктазни ендонуклеази. Рестриктазният ензим разпознава и отрязва ДНК само в определени последователности от нуклеотиди.