Предлаганите на пазара генетично модифицирани организми (ГМО) представляват трансгенни растения, в чиято ДНК изкуствено е въведена ДНК от чужди видове.

Тези ДНК секвенции са „опаковани“ във вирусната или бактериалната ДНК „рамка“, с промоторна и/или терминаторна активност. Най-често ДНК секвенциите, внесени в трансгенните растения са срещу насекоми, хербициди и/или за устойчивост към насекоми.

За нуждите на легализирането и етикетирането на ГМО продуктите, различни международни и национални регулаторни органи изискват многоетапни анализи, за което методиката на PCR в реално време е подходящ избор.

1. Наличието на ГМО може да бъде проверено чрез идентифициране на генетични последователности за 35S, NOS и FMV. Други генетични елементи могат да се очакват в бъдеще. 35S положителни резултати трябва да бъдат потвърдени за отсъствието на физическо замърсяване с вируса на мозайката по цветното зеле, използвайки CaMV системата. Освен това, ефективността на изолиране на ДНК трябва да бъде потвърдена с помощта на растителна ДНК, когато се анализира нова матрица.
2. При ГМО положителни проби е важно да се идентификацира дали в хранителния продукт има разрешени или забранени ГМО. В Европа действат Eвропейските директиви ЕО 1829/2003 и 1830/2003, описващи съответните регламенти. Забранените ГМО продукти не се допуска да се внасят, произвеждат или обработват в Европа. В сила е нулева толерантност за допускането на хранителни ГМО продукти, докато за фуражи е установен праг от 0.1 % (EC 628/2011). Хранителни продукти, които съдържат повече от 0.9 % одобрени ГМО за матрица, трябва да бъдат етикетирани като ГМО продукт.
3. От основно значение е количественото определяне на одобрените ГМО в хранителни проби в допустимия обхват от приблизително 0.9 %. Съдържанието на ДНК от ГМО в брой копия може да бъде количествено, сравнено спрямо растителната матрица и резултатът да бъде представен в процентно отношение.